Регистрация некоммерческой организации в Эстонии — быстрый и простой процесс. В Эстонии НКО регистрируются с аббревиатурой MTÜ (от Mittetulundusühing) в конце названия.

• Как следует из названия, деятельность таких организаций не направлена на получение прибыли и обычно носит благотворительный характер.
• Количество учредителей НКО должно составлять минимум два лица (физических или юридических).
• Регистрация НКО необходима при осуществлении благотворительной деятельности, создании общественных объединений, реализации благотворительных проектов и т. д.
• Прибыль НКО не распределяется — дивиденды не выплачиваются, долей и паёв нет.
• При достижении коммерческого оборота в размере 16 000 EUR требуется регистрация в соответствующих налоговых органах, так как с этого порога возникает обязанность по уплате НДС.
• Как и в случае с другими видами компаний (например, обществом с ограниченной ответственностью), бухгалтерский учет ведётся в соответствии с Законом о бухгалтерском учёте, и обязательно проведение общего собрания один раз в год.

На ежегодном общем собрании обсуждаются расходы, вопросы и решения, связанные с деятельностью организации.